С 2009 г. в рамках ФЦП «Национальная система химической и биологической безопасности Российской Федерации» отдел молекулярной диагностики и эпидемиологии под руководством Шипулина Г.А. разработал сотни наборов реагентов и тест-систем для молекулярной диагностики опасных инфекционных заболеваний, в том числе таких социально значимых инфекционных заболеваний, как ВИЧ и парентеральные гепатиты.

При участии Г.А. Шипулина были разработаны технологии производства ферментов для молекулярной диагностики, олигонуклеотидного синтеза, оригинальные рецептуры основных компонентов ПЦР тест-систем, и было создано самое крупное в стране инновационное импортозамещающее высокотехнологичное производство. Налажен выпуск уникальных высокочувствительных ПЦР-тест-систем для качественного и количественного выявления и генотипирования возбудителей инфекционных и паразитарных заболеваний.

Г.А. Шипулин — один из основных разработчиков первого отечественного нормативного документа (методические рекомендации) по проведению работ в диагностических лабораториях, использующих метод ПЦР, а также соавтор 15 МУ, МР и СП. Автор и соавтор более 750 научных публикаций, держатель 17 патентов, соавтор 16 монографий. Индекс Хирша (Google Scholar) – 25.

На базе ФБУН ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора Г.А. Шипулин создал и возглавил Центр молекулярной диагностики инфекционных болезней (CMD).

С 2018 г. по настоящее время работает в ФГБУ «ЦСП» ФМБА России в должности заместителя генерального директора по научно-производственной деятельности, а также возглавляет Центр постгеномных технологий.

Шипулин Г.А. является председателем организационного комитета научно-практической конференции «Молекулярная диагностика», председателем комитета «Молекулярно-биологические и генетические исследования» Ассоциации специалистов и организаций лабораторной службы «ФЕДЕРАЦИЯ ЛАБОРАТОРНОЙ МЕДИЦИНЫ», членом НТС «Трансляционная медицина» ТП «Медицина будущего», экспертом экспертной группы научно-координационного совета ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2014-2020 годы» по приоритетному направлению «Науки о жизни», экспертом фонда «Сколково» по направлению «Медицинские технологии в области разработки оборудования, лекарственных средств», экспертом Федерального реестра экспертов научно-технической сферы, членом редакционного совета журналов «Современная лаборатория» серии «Медицинский алфавит», «Эпидемиология и гигиена» серии «Медицинский алфавит», «Personalized Psychiatry and Neurology».